Вот некоторые причины, из-за которых сайт не индексируется:

1. Время, прошедшее с момента заполнения формы добавления сайта, не достаточно велико. У Яндекса самый быстрый поисковый  робот.

Обыч­но, при малой загруженности его поискового робота, добавленная стра­ница появляется в результатах поиска уже через 2-5 часа. Многие стра­ницы попадают в результаты поиска через неделю после добавления. У других поисковых систем индекс обновляется реже. Могут даже добав­ляться полтора месяца.
2. Сайт был недоступен или имел слишком большое время отклика во вре­мя посещения его поисковым роботом. Если Ваш сервер сбоит не часто, то сайт через некоторое время так или иначе окажется в индексе поис­ковой системы. 3. Некоторые из поисковых систем (например, Google) индексируют лишь те сайты, на которых есть хоть одна внешняя ссылка с другой страницы, которая уже проиндексирована поисковой системой.
4. Неверные настройки сервера. Наиболее часто встречающаяся ошибка среди непрофессионалов — это использование .htacsess. Из-за этой ошибки поисковый робот, применяя при обращении к файлу robots.txt директивы ErrorDocument или RewriteRule, получает от сервера код, от­личающийся от 200 (OK) или 404 (Not found). В этом случае индексация страницы не произойдёт, так-как поисковый робот будет в ступоре. Что­бы избежать возникновения этой ошибки, необходимо в случае исполь­зования директивы ErrorDocument всегда создавать файл robots.txt, можно сделать его даже пустым. А если же используется директива RewriteRule, необходимо быть предельно аккуратным и всегда следить за кодом ответа сервера.
5. Неверно составленный файл robots.txt. Если другие поисковые роботы подпадают под правило запрета индексации какого-то одного робота, необходимо проверить правильность написания файла robots.txt.
6. Поисковая система не способна распознавать ссылки на страницах Ва­шего сайта. Наиболее частый случай — все ссылки представляют собой объекты Javascript или Flash. Некоторые поисковые системы неверно воспринимают перенаправление - «редиректы». Наиболее «адекватным» в этом смысле является Google. Этот поисковый гигант без труда справ­ляется и с ссылками в виде объектов Flash. По зубам ему и «редиректы». И только Javascript он пока пропускает.
7. Ваш сайт попал в «бан-лист» поисковой системы.
8. Имеются проблемы в работе самой поисковой системы. Фатальные сбои в работе поисковой системы редкое явление, но всё же они имеют место быть. Происходят сбои аппаратуры даже при её избыточности, и часть индекса поисковой системы при этом теряется. Кластерная структура поисковой системы также является причиной проблем.
9. Вы используете динамические страницы. Нужно сказать, что динамиче­ские страницы индексируются корректно далеко не всеми поисковыми системами. Из-за чего это происходит? Динамические страницы прино­сят с собой две проблемы: 1) информация дублируется — если URL вида www.site.ru  имеет одно то же значение, что и URL вида  site.ru для Вашего сайта, то для поисковой си­стемы это две совершенно разные страницы; наиболее часто данная проблема возникает при отслеживании сессий посетителей. Роботы по­исковых систем не используют в своей работе cookies, поэтому URL для них всегда разный; 2) робот поисковой системы способен с лёгкостью перезагрузить сайт, формирующий динамические страницы.
10. Ваш сайт находится в не индексируемой зоне поисковой системы. Каждая поисковая система имеет свою «область охвата». К примеру Рамблер и Яндекс индексируют в основном русскоязычную часть Все­мирной паутины. Поэтому, если Ваш сайт не находится в одной из ин­дексируемых доменных зон (например, su, ru, am, az, by, ge, kg, kz, md, tj, ua, uz для Яндекса; ru, su, ua, by, kz, kg, uz, ge для Рамблера), то авто­матическое индексирование Вашего сайта не произойдёт. При возник­новении данной проблемы необходимо написать письмо с просьбой включения Вашего сайта в индекс, в службу поддержки поисковой си­стемы.
11. Большинство крупных поисковиков «пугаются» бесплатных хостин­гов с сотнями тысяч сайтов, и служб пере направления - «редиректа» (например da.ru). Если Ваш сайт расположен на подобном хостин­ге, индексация может и вовсе не произойти, либо её можно ждать очень долго.
12. Большинство материала сайта не уникальна.Поисковые машины не любят дублированный контент, зачем записывать то, что уже и так есть на сервере.Часто так бывает, что приходит робот, начинает индексацию, и вскоре выплевывает все и уходит. Поэтому важно, особенно в начале использовать уникальный контент.
13. Ваш хостинг ввел запрет для поисковых машин. Некоторые хостинг провайдеры иногда, с целью уменьшить нагрузку на сервер, запрещают поисковым роботам визиты.
14. Вы используете бредотекст, или  в тексте очень много ошибок и робот эти страницы относит к ошибочным.
15. вы купили "забаненый" в прошлом доменное имя.